Con dấu được sử dụng cho mục đích chính trị lần đầu tiên ở Nhật Bản là vào thời Nara, thế kỷ thứ 8. Khi đó, hệ thống chính quyền ở Nhật được xây dựng dựa theo mô hình vương triều của Trung Quốc. Lúc bấy giờ, do con dấu là biểu tượng cho quyền lực của người đứng đầu đất nước nên chỉ có Nhật hoàng sử dụng nó. Con dấu được dùng để xác nhận chỉ dụ do Nhật hoàng ban ra. Đến giữa thế kỷ thứ 8, giới quý tộc ở Nhật Bản mới được phép dùng con dấu của riêng họ.

Đến thời Chiến quốc Sengoku, thế kỷ 15, lịch sử con dấu ở Nhật Bản bước sang giai đoạn mới khi các lãnh chúa phát động chiến tranh giành quyền lực, qua đó, người chiến thắng được quyền tạo ra cho mình con dấu đẹp nhất, mang tính biểu tượng nhất.

Các hình ảnh tượng trưng phổ biến trên các con dấu vào thời kỳ này là rồng, sư tử, hổ… những con vật thể hiện uy lực và sự dũng mãnh. Điều này cũng đồng nghĩa với việc, chỉ cần nhìn vào con dấu người ta biết được thế lực của người sở hữu nó.

Đến thời Edo, thế kỷ 17, con dấu bắt đầu được dùng trong dân chúng. Điển hình là trong giao dịch mua bán, các thương nhân sử dụng con dấu để xác nhận đơn hàng, hóa đơn thanh toán tiền. Mỗi doanh nghiệp có con dấu riêng, thế là hàng loạt con dấu với đủ kiểu dáng khác nhau ra đời.

Thời kỳ Mạc phủ với chính sách bế quan tỏa cảng kéo dài từ đầu thế kỷ 17 chính thức kết thúc vào năm 1867, thay vào đó là thời Minh Trị tập trung phát triển đất nước theo chủ trương học tập văn minh phương Tây.

Tuy nhiên, chính quyền Minh Trị không từ bỏ việc sử dụng con dấu, trái lại còn phổ biến rộng rãi ra toàn dân. Nếu trước đây chỉ có giới quý tộc, võ sĩ hay thương nhân được dùng con dấu thì đến giai đoạn này mọi người dân đều có con dấu của riêng mình.